Destacaría tres características del pelo de los japoneses: liso, grueso y negro. 

Supongo que el hecho de vivir en una isla les ha proporcionado poca variedad genética. Por eso nos parecen todos iguales. Al menos en el pelo lo son. Y no les gusta. Por eso, en su afán de tratar de diferenciarse de la masa, de ser distintos, se tiñen el pelo de color castaño.

Pero son japoneses. No pueden hacer nada para evitar sus instintos más básicos (quizá también grabados en los genes), y actúan en masa. Por eso 90% de los japoneses se tiñen el pelo de color castaño. Y de esta forma vuelven a ser una cabeza más dentro de la gran maquinaria social.

Actualización: Añado la magnífica aportación de Alex en un par de comentarios:

Japón es uno de los países del mundo con mayor homogeneidad genética. Es decir, que no importa si hablas de una familia de Akita o de Nagasaki, la diferencia va a ser mínima. Esto está provocado por ser un archipiélago y estar tradicionalmente cerrado a la inmigración. De hecho, dentro de Japón, sólo existen dos minorías con caracterizaciones genéticas distintas, creadas por haber estado aisladas del resto: la gente de Okinawa (al sur) y los ainu (habitantes tradicionales de Hokkaido, al norte).

En cuanto al color del tinte, yo diría que (ahora dejo de ser bioquimico y soy un superficial q te cagas) tener el pelo negro da un contraste muy fuerte a la cara. Aclarar el pelo suaviza los rasgos y endulza las facciones. Pero, si se lo aclararan más, tendrían que ir a la peluquería cada 2 semanas, o llevar las raíces oscuras, que es un poco horror, así que han elegido el color de tinte que ofrece el mejor resultado óptico vs. economía de peluquería.

(Nota aparte, el hecho de que sean homogéneos no quiere decir q no se discriminen entre ellos)

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Genéticamente, se ha comprobado que la instalación de humanos en Japón se produjo en dos fases. La primera en el periodo Jomon (Neolítico Japonés). Después, en el periodo Yayoi (ya cultivaban arroz y usaban metales) se produjo otra ola poblacional, probablemente desde Korea (Corea?).

A partir de ahí, los Yayoi y los Jomon se fueron mezclando, y las poblaciones exclusivamente Jomon quedaron en sitios muy aislados (Hokkaido y las islas Ryukyu, actual Okinawa).

La población Jomon, en esos dos sitios sufrió una evolución divergente, se separaron genéticamente entre sí, pero aun así, los Ainu (norte) y los Ryukyanos (sur) están mas cercanos genéticamente entre ellos que con cualquier Yayoi de Japón central.

Las islas Ryukyu se anexionaron a Japon en 1872, y Hokkaido pasó de 60 000 habitantes a 240 000 en la decada de 1870 (con población traída desde Japón central, y por tanto Yayoi).

Actualmente, la población Ainu de Hokkaido se estima en 25 000 personas (un 0.5% de la población), y aunque en Okinawa hay bastantes mas “genotipos Jomon puros”, es adecuado decir que la inmensa mayoría de la población de Japon procede de la misma ola poblacional Yayoi, y por tanto, tienen una diversidad genética mínima comparados con países como el nuestro.

Idea que me cruza la mente: el hecho de que tengan tan poca diversidad genética podría implicar que tienen sistemas inmunodefensivos muy parecidos, lo que explicaría que las enfermedades se contagien tan rápido en Japón (ademas del hecho de que vivan muchas personas en muy poco espacio físico).

Miscelánea: la mayor diferencia real en lo que he leído entre Yayoi y Jomon es en dos genes: uno que determina si la cera de los oídos es húmeda o seca (:S) y otro que afecta, justamente, al grosor del pelo (la vida te da sorpresas).